Το 2003, με αφορμή τον εκσκαφικό έλεγχο για την ανέγερση κτηριακού συγκροτήματος ακριβώς στα ανατολικά του ναού των αποστόλων Πέτρου και Παύλου ξεκίνησε η ανασκαφή σημαντικού ταφικού συνόλου. Συγκεκριμένα, ανασκάφηκαν 60 τάφοι οι οποίοι εντάσσονται στο πυρήνα της προϊστορικής και αρχαίας νεκρόπολης της Κυδωνίας, που απλώνεται στην ευρύτερη περιοχή των Δικαστηρίων.
Στο ΝΑ τμήμα του γηπέδου αποκαλύφθηκε συστάδα 7 ασύλητων τάφων (6 κιβωτιόσχημοι και 1 λακκοειδής) με προσανατολισμό Β-Ν οι οποίοι χρονολογούνται στους πρώιμους ελληνιστικούς χρόνους. Κατασκευασμένοι από λίθινες πλάκες, συχνά φέρουν επίχρισμα στο εσωτερικό τους. Οι νεκροί ήταν κτερισμένοι με αγγεία, ειδωλία, αργυρά και χρυσά χαρώνεια νομίσματα, στλεγγίδες κάτοπτρα, βελόνες και περιδέραια. Από τα πιο εντυπωσιακά ευρήματα είναι τα θραύσματα δύο στεφάνων, καθώς και τα οστέινα στελέχη από χτένι. Τα κελύφη δύο αυγών φαίνεται να συνδέονται με τα ταφικά έθιμα της εποχής.
Στη Δ πλευρά του γηπέδου είχε διαμορφωθεί κατά τους ελληνιστικούς χρόνους μεγάλος λάκκος απόθεσης του άχρηστου δομικού υλικού. Ανάμεσα στο πεταμένο υλικό ξεχωρίζουν δύο μαρμάρινα γλυπτά των κλασικών χρόνων.
Σημαντική είναι η ανεύρεση 54 προϊστορικών τάφων που προκύπτει από το σύνολο των χάλκινων όπλων που συνόδευαν τους νεκρούς, αποτελούν, ως επί το πλείστον, ταφές, πολεμιστών. Οι τάφοι ανήκουν σε τρεις μυκηναϊκούς αρχιτεκτονικούς τύπους.
Α) Λακκοειδής με πλευρικό σπηλαιώδες όρυγμα
Εντοπίστηκαν 32 δείγματα του τύπου, διάσπαρτα στον χώρο, χωρίς συγκεκριμένο προσανατολισμό. Αποτελούνται από ένα ορθογώνιο σκάμμα, στη μία μακρά πλευρά του οποίου διαμορφώνεται θάλαμος για την τοποθέτηση του νεκρού. Ο θάλαμος σφραγιζόταν από πέτρες ενώ το σκάμμα μετά την ταφή, γέμιζε με τα προϊόντα της λάξευσης.
Ο μνημειακότερος τάφος του τύπου βρίσκεται στο ΝΔ τμήμα του χώρου και χρονολογείται στην ΥΜ ΙΙ περίοδο (1450 -1400π.Χ.). Ανήκε σε έναν ψηλό άνδρα, ηλικίας περίπου 35 ετών, ο οποίος τοποθετήθηκε σε ύπτια στάση με πλούσια κτερίσματα. Εντυπωσιακά αγγεία, κοσμήματα και είδη ατομικού καλλωπισμού συμπληρώνουν τον πολεμικό εξοπλισμό του νεκρού. Τρεις σφραγιδόλιθοι ήταν αναρτημένοι στον καρπό του και τεκμηριώνουν την υψηλή κοινωνική θέση του σπουδαίου πολεμιστή
Β) Λακκοειδής με κάθετο όρυγμα.
Εντοπίστηκαν 6 τάφοι αυτού του τύπου, διάσπαρτοι στο χώρο χωρίς συγκεκριμένο προσανατολισμό. Αποτελούνται από ορθογώνιο σκάμμα με διαμορφωμένο δάπεδο για να υποδεχτεί τον νεκρό με τα κτερίσματά του. Στη συνέχεια τοποθετούνταν οι πλάκες κάλυψης και το σκάμμα γέμιζε με τα προϊόντα της λάξευσης ως την επιφάνεια. Από τους παραπάνω τάφους προέρχονται πήλινα αγγεία και χάλκινα αντικείμενα.
Στη κατηγορία αυτή εντάσσεται κτιστός λακκοειδής τάφος μυκηναϊκού τύπου που χρονολογείται στην τελική ανακτορική περίοδο (1400-1375 π.Χ.) ο οποίος αποτελεί το εντυπωσιακότερο αρχιτεκτόνημα της ανασκαφής, μοναδικό για τα ανασκαφικά δεδομένα της δυτικής Κρήτης. Το ορθογώνιο σκάμμα του ταφικού θαλάμου είναι επενδυμένο με λιθοδομή ενώ τέσσερις μεγάλες πλάκες μαζί με πέτρες και σφήνες σφράγιζαν τον θάλαμο μετά την ταφή του νεκρού Ο τάφος περιείχε την ταφή ενός υψηλόβαθμου πολεμιστή, όπως προκύπτει από τα χάλκινα όπλα που τον συνόδευαν, ηλικίας 35 ετών ιδιαίτερα εύρωστο με εντυπωσιακά μεγάλα μάτια.
Γ) Θαλαμοειδής με δρόμο.
Ο πιο διαδεδομένος τύπος τάφου στον κρητομυκηναϊκό κόσμο αντιπροσωπεύεται στην ανασκαφή με 15 παραδείγματα. Οι θαλαμοειδείς τάφοι, λαξευμένοι κατά συστάδες, φέρουν μακρούς διαδρόμους, η κατάβαση στους οποίους εξασφαλίζεται με κεκλιμένα επίπεδα και διαμορφώσεις αναβαθμών. Φράγμα από αργούς ασβεστολιθικούς λίθους κλείνει το άνοιγμα της εισόδου. Οι τάφοι έχουν οικογενειακό χαρακτήρα και περιλαμβάνουν τη ταφή περισσότερων του ενός ατόμων.
Η παραπάνω αρχαιολογική ανακάλυψη είναι μοναδική αφού για πρώτη φορά εντοπίστηκε στην προϊστορική νεκρόπολη της Κυδωνίας σύνολο τάφων που ανήκουν σε πολεμιστές, μέλη της μυκηναϊκής κοινότητας.
