Το 2006 στο πλαίσιο δοκιμαστικού ανασκαφικού ελέγχου μπροστά από το βυζαντινό τείχος, στη συμβολή των οδών Καραολή – Δημητρίου και Κατρέ, διαπιστώθηκε ότι κάτω από επεμβάσεις των νεότερων χρόνων αλλά και από το επίπεδο θεμελίωσης του τείχους διατηρούνταν προϊστορικές επιχώσεις. Η ανασκαφή του χώρου αποκάλυψε ένα εντυπωσιακό τμήμα κτηρίου της προανακτορικής περιόδου (2300-1900 π.Χ.).
Συγκεκριμένα, αποκαλύφθηκαν τέσσερεις χώροι καθώς και τμήματα τεσσάρων ακόμη, σε έκταση περίπου 90 τ.μ. Ο προσανατολισμός των τοίχων ακολουθεί τον άξονα Β- Ν, ενώ το κτήριο είναι προσαρμοσμένο στη μορφολογία του εδάφους. Το κτηριακό συγκρότημα έχει στην κάτοψή του τραπέζιο σχήμα με ευρύτερα τα ανατολικότερα δωμάτια. Ο στιβαρός νότιος τοίχος του κτηρίου παρακολουθείται σε μήκος 10,50μ. και το πλάτος του φτάνει τα 1,20μ. ενώ ο βόρειος, είναι αποσπασματικά ορατός γιατί σε μεγάλο βαθμός χρησιμοποιήθηκε για να πατήσει το υπερκείμενο τείχος. Εντυπωσιακής κατασκευής είναι και οι ενδιάμεσοι τοίχοι του κτηρίου, παράλληλοι μεταξύ τους με πλάτος 1 έως 1.10 μ. και αυξανόμενο μήκος από τον δυτικότερο στον ανατολικότερο. Τρεις ακόμη χώροι φαίνεται ότι διαμορφώνονταν στα νοτιότερα, ωστόσο καταστράφηκαν κατά την κατασκευή του βυζαντινού προτειχίσματος. Τα δάπεδα των χώρων ήταν χωμάτινα ενώ λιγοστά είναι και τα κινητά ευρήματα που περιορίζονται σε χρηστική κεραμική και μερικά απολεπίσματα οψιανού. Το γεγονός εξάλλου ότι το κτήριο στο σύνολό του καλυπτόταν από επίχωση με χαλίκια, χαλαρό χώμα και άφθονη πεταμένη κεραμική, σε συνδυασμό με το ότι οι χώροι δεν έχουν ι ανοίγματα εισόδων, οδηγεί στο συμπέρασμα ότι αποτελούσαν υπόγεια δωμάτια και η κύρια χρήση ήταν σε ανώτερο επίπεδο.
Η κατασκευή του βυζαντινού προτειχίσματος, που αποκαλύφθηκε νοτιότερα, κατέστρεψε τη συνέχεια του μινωικού κτηρίου. Δοκιμαστικές τομές κάτω από τα επίπεδα των δαπέδων αποκάλυψε παρθένα, αμμώδη στρώση, χωρίς πρωιμότερη φάση κατοίκησης. Δεδομένη ωστόσο είναι η συνεχής χρήση του χώρου στις μεταγενέστερες εποχές.
