Τα έτη 1990 και 1991, κατά τις εργασίες κατασκευής του νότιου περιβόλου της εκκλησίας Αποστόλων Πέτρου και Παύλου ανασκάφηκε μία ομάδα 3 υπόγειων θαλαμωτών τάφων, λαξευμένοι στον φυσικό βράχο.
Ορατός παραμένει ο πιο καλοδιατηρημένος τάφος, ο οποίος εντάσσεται στη σημαντικότερη ομάδα τάφων προϊστορικών και ιστορικών χρόνων της νεκρόπολης της Κυδωνίας. Ο δρόμος του τάφου είναι έντονα κατηφορικός. Ο θάλαμός του είναι ακανόνιστα κυκλικός με δύο χαμηλά «θρανία» λαξευμένα στο βράχο. Είχε είσοδο από ανατολικά, που έκλεινε με ξερολιθιά, η οποία είχε παραβιαστεί. Φιλοξένησε δύο ταφές, που βρέθηκαν στη θέση τους σε ύπτια θέση, με τα κρανία προς την είσοδο. Η μία ταφή συνοδευόταν από οκτώ πήλινα αγγεία. Τα κτερίσματα της δεύτερης ταφής, αγγεία καθώς και μία χάλκινη λεπίδα μαχαιριού, βρέθηκαν τοποθετημένα πάνω σε θρανίο, ενώ ένας αμφορέας βρέθηκε πίσω από την κεφαλή του νεκρού. Τα οστά των νεκρών είχαν εντελώς αποσαθρωθεί από την υγρασία. Οι ταφές χρονολογούνται στα 1375- 1250 π.Χ..
Ο δεύτερος τάφος στον αύλειο χώρο ήταν του ιδίου τύπου, αλλά μικρότερος, με θάλαμο ημιτελή λόγω κακής ποιότητας του βράχου και χωρίς ίχνη ταφής.
Ο τρίτος είχε δρόμο μεγαλύτερου μήκους αλλά ο θάλαμός του είχε μετατραπεί σε απορριμματοφόρο λάκκο κατά τα ιστορικά χρόνια. Οι δυο αυτοί τάφοι διατηρούνται καταχωμένοι.
