Η ανασκαφή Βακαλουνάκη εντοπίζεται στα ΝΔ της πλατείας της Αγίας Αικατερίνης, στην οδό Κατρέ 10. Το 1972 σε σωστική ανασκαφή ανασκάφηκαν τμήματα τριών κτηρίων της νεοανακτορικής περιόδου (1700-1450 π.Χ.) καλυμμένα από παχύ στρώμα καταστροφής που προκάλεσε η φωτιά.
Πρόκειται για την αρχαιολογική θέση που έδωσε το μεγαλύτερο τμήμα του πολύ σημαντικού αρχείου Γραμμικής Α΄ γραφής της νεοανακτορικής εγκατάστασης των Χανίων. Το αρχείο αυτό αποτελείται από 99 θραύσματα πήλινων πινακίδων Γραμμικής Α΄ γραφής, 122 πήλινα δισκία, 22 πολυεδρικά και 58 απλά πήλινα σφραγίσματα, που προέρχονταν από τον όροφο του κτηρίου. Τα ευρήματα βρέθηκαν μαζί με τα υπολείμματα του δαπέδου, των τοίχων και της στέγης του ορόφου, ο οποίος κάηκε και τα απομεινάρια του κατέρρευσαν στο ισόγειο. Τα παραπάνω περιέχονταν μέσα σε ένα παχύ στρώμα καταστροφής που αποτελείτο από έντονο κόκκινο χώμα από το ψήσιμο των διαλυμένων ωμών πλίνθων, μικρά κομμάτια καμένου ξύλου, μικρές καμένες ελαφρόπετρες, καθώς και θραύσματα έγχρωμων ασβεστολιθικών και πήλινων κονιαμάτων (στρώμα καταστροφής). Η επίχωση αυτή ακουμπούσε σε δάπεδο από κτυπητή γη που ανήκε σε ένα από τα τρία νεοανακτορικά κτήρια (Ι-ΙΙΙ).
Τόσο η χωροοργάνωση όσο και τα ευρήματα της ανασκαφής του οικοπέδου Βακαλουνάκη αποδεικνύουν ότι η θέση αποτελούσε το διοικητικό αρχείο του ανακτορικού κέντρου. Αναπόσπαστο τμήμα των διοικητικών υπηρεσιών, οι οποίες ασχολούνταν με τη συγκέντρωση και την ανακατανομή πρώτων υλών και προϊόντων, αποτελούσε το αρχείο. Εκεί φυλασσόταν το αρχειακό υλικό της ανακτορικής διοίκησης. Το ανακτορικό αρχείο στελεχωνόταν με εξειδικευμένους υπαλλήλους, τους γραφείς.
Στην αρχαιολογική θέση σήμερα βλέπουμε τα κατάλοιπα των τοίχων των ισογείων των κτηρίων.
