Οι πρώτες ανασκαφές στην πλατεία Αγίας Αικατερίνης στην οδό Κανεβάρο στον λόφο Καστέλλι ξεκίνησαν το 1964 από τον Γιάννη Τζεδάκι. Από το 1970 η συστηματική ανασκαφή της θέσης διεξάγεται από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Χανίων σε συνεργασία με το Σουηδικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο Αθηνών καθώς και με το Ινστιτούτο της Δανίας στην Αθήνα από το 2010 και εξής. Η ελληνο – σουηδική – δανική ανασκαφή θεωρείται ως η κεντρική ανασκαφή στο Καστέλλι.
Σε μία έκταση 600 τ.μ. και σε βάθος 2 μ. έχουν έρθει στο φως επάλληλα οικιστικά στρώματα. Από τη νεοανακτορική οικιστική φάση ( 1700-1450), οι ανασκαφές έφεραν στο φως ολόκληρη την κάτοψη ενός κτηρίου και τμήματα τριών άλλων, μαζί με δρόμους και ανοιχτούς δημόσιους χώρους – πλατείες (χακί χρώμα στην katopsh plateia agias aikaterinhs).
Το κτήριο το οποίο αποκαλύφθηκε ολόκληρο ονομάστηκε Οικία Ι (katopsh 1). Κάλυπτε μία επιφάνεια 225 τ.μ., είχε δεύτερο όροφο και 14 δωμάτια στο ισόγειο. Από την κύρια είσοδο στο νότιο δρόμο εισέρχονταν κανείς στον προθάλαμο (Η), από όπου μπορούσε να κατευθυνθεί είτε αριστερά ή μπροστά στους χώρους υποδοχής του σπιτιού. Το δωμάτιο (C) – πολύθυρη αίθουσα οδηγούσε στον φωταγωγό – χώρο υποδοχής (Α). Στα δεξιά της εισόδου υπήρχε η δεξιά πτέρυγα με το διπλό κλιμακοστάσιο (Ο), το μαγειρείο (Μ), τις αποθήκες του σπιτιού και το θησαυροφυλάκειο (D). Στο κέντρο του μαγειρείου αποκαλύφθηκε εστία που εξυπηρετούσε στο μαγείρεμα του φαγητού, ενώ σε μία γωνία πιθανόν υπήρχε αργαλειός την ύπαρξή του οποίου μαρτυρεί η συγκέντρωση των πήλινων υφαντικών βαρών (αγνύθων) στο σημείο. Στο δωμάτιο Ε, που χρησίμευε ως αποθήκη, εντοπίστηκαν αγγεία αποθηκευτικά. Ξεχωρίζει αγγείο που περιείχε καμένα όσπρια (λαθούρι και φακή). Στον ίδιο χώρο βρέθηκαν δύο πήλινες πινακίδες της μινωικής Γραμμικής Α΄ γραφής. Το δωμάτιο D, αποτελούσε το «θησαυροφυλάκιο» του σπιτιού, εκεί φυλάσσονταν πήλινα και λίθινα αγγεία, σφραγίδες και κοσμήματα.
Η εγκατάσταση καταστράφηκε από πυρκαγιά γύρω στο 1450 π.Χ.. Αμέσως μετά την καταστροφή ο χώρος ξαναχρησιμοποιήθηκε. Τα δωμάτια Α, Ι και Q του πρώτου κτηρίου επισκευάστηκαν προκειμένου να χρησιμοποιηθούν και πάλι. Εδώ βρέθηκε και το περίφημο «Σφράγισμα του Δεσπότη» (Master Impression), το σπουδαιότερο από τα ευρήματα των ανασκαφών της Κυδωνίας.
